As duas formas de escrita existem na língua portuguesa, porém cada uma delas possui um significado diferente quando colocado em uma frase.
Escrevemos "em quanto", separado, quando queremos nos referir a quantidade ou intensidade de alguma coisa. Por exemplo:

"Em quanto tempo chega o ônibus?"
"Em quantas horas ele chegará?"

Já a palavra "enquanto", junto, expressa a ideia de tempo, conformidade ou proporção. Por exemplo:

"Enquanto ele sai, eu arrumo a casa."
"Enquanto você dorme, eu trabalho."

Uma dúvida simples, que muitas vezes passa despercebido na hora de escrever.


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